Начало научно-организационной деятельности института относится к 1935 г. (приказ Наркомздрава от 15.02.1935 г.), когда был создан Организационно-плановый отдел, контролирующий работу республиканской практической сети рентгенологических и радиологических кабинетов страны и осуществляющий консультативную помощь медицинским учреждениям. В создание и совершенствование организационных форм деятельности большой вклад внесли академик П.П.Лазарев, Л.Я. Шехтман, Э.В.Троицкий. По мере усложнения работы рентгенологической и радиологической службы на периферии и в центре расширялся объем организационно-методической работы института.
Как самостоятельное структурное подразделение отдел был создан в 60-ые годы. Его руководителями были профессор И.М. Яхнич, к.м.н. Л.Н. Горелова, к.м.н. Л.Н. Казакова, профессор Н.И. Рожкова, профессор П.В. Власов, В.К. Зотов.
Научная часть Центра была создана с момента его основания. В разное время ее руководителями были заместители директора института по научной работе: Шехтман Я.Л., Подляшук Л.Д., Тагер И.Л., Пружанский С.В., Соколов Ю.Н., Неговский Н.П., Зодиев В.В., Цыбульский Б.А., Жаков И.Г., Харченко В.П., Рожкова Н.И., Цаллагова З.С., Каприн А.Д. С 2012 года - Нуднов Н.В.
В настоящее время в связи с реорганизацией структуры Центра и расширением рамок деятельности научно-организационного отдела под руководством, заместителя директора по научной работе проф. Нуднова Н.В., ученого секретаря проф. З.С. Цаллаговой отдел осуществляет координацию научно-исследовательской работы Центра по формированию планов научно-исследовательских разработок, их комплексированию, проверке, а также по внедрению их результатов в практическое здравоохранение. Организует работу по творческому сотрудничеству Центра с другими медицинскими научно-исследовательскими и учебными учреждениями, диагностическими центрами, диспансерами; обеспечивает высокий уровень и качество научных исследований, использование в работе достижений отечественной и зарубежной науки, соответствие им разрабатываемых стандартов. Осуществляет проведение аттестации и конкурсного утверждения в должности научных сотрудников, следит за исполнением действующего законодательства, постановлений и распоряжений Президента Российской Федерации, Правительства Российской 
Федерации, нормативных и методических документов Министерства здравоохранения и социального развития Российской Федерации. Принимает меры по обеспечению научных подразделений необходимым оборудование и материалами, контролирует рациональную расстановку и использование научных кадров, способствует развитию их творческой инициативы. Другими формами внедрения научных достижений в практику, повышения уровня квалификации кадров является организация и проведение научно-практических конференций, съездов, симпозиумов, где подводятся итоги и обсуждаются перспективы развития службы рентгенорадиологии. Важной формой повышения квалификации кадров является подготовка специалистов на рабочих местах.
Важными направлениями работы отдела являются: разработка нормативной документации по организации деятельности рентгенологической и радиологической службы, разработка, совершенствование и внедрение в практику новых медицинских технологий, разработка штатных нормативов для отделений лучевой диагностики и 
лучевой терапии, табелей рационального оснащения рентгеновских и радиологических кабинетов, перечня обязательных методов лучевой диагностики для учреждений различного уровня и профиля. Научно-организационный отдел Центра, поддерживая контакты с регионами страны, изучает положение дел на местах путем анкетирования, а также сбора официальных статистических сведений, обрабатывает эти данные, определяет среднестатистические показатели, сравнивает их с показателями отдельных административных территорий и рассылает на места главным рентгенологам. Это дает возможность проводить сравнительную оценку технической оснащенности службы административных территорий, определять уровень использования наиболее информативных рациональных методик лучевой диагностики и лучевого лечения, степень укомплектованности ЛПУ кадрами и их профессиональную подготовку. На основании данных анализа проводятся мероприятия по улучшению рентгенорадиологической помощи населению административных территорий.
Создаются базы данных по рентгенодиагностической и радиологической службам (по структуре в субъектах Российской Федерации и муниципальных образованиях, - номенклатуре оборудования и эффективности его использования, наличию подготовленного медицинского персонала.
Знание научных проблем по многопрофильной деятельности Центра, руководящих материалов вышестоящих органов, отечественных и зарубежных достижений позволяет осуществлять тиражирование новых высоких технологий в регионах. Этому способствует созданная группа патентно-информационной и редакционно-издательской деятельности.
Деятельность Центра, его научные планы всегда были органично связаны с запросами здравоохранения, отражали самые актуальные направления его развития.
