Начало научно-организационной деятельности института относится к 1935 г. (приказ Наркомздрава от 15.02.1935 г.), когда был создан Организационно- плановый отдел, контролирующий работу республиканской практической сети рентгенологических и радиологических кабинетов страны и осуществляющий консультативную помощь медицинским учреждениям. В создании и совершенствовании организационных форм деятельности большой вклад внесли академик П.П.Лазарев, Л.Я.Шехтман, Э.В.Троицкий. По мере усложнения работы рентгенологической и радиологической службы на периферии и в центре расширялся объем организационно-методической работы института.
Как самостоятельное структурное подразделение отдел был создан в 60-ые годы.
Его руководителями были профессор И.М.Яхнич, к.м.н. Л.Н.Горелова, к.м.н. Л.Н.Казакова, профессор Н.И.Рожкова, профессор П.В.Власов, профессор О.И. Щербенко.
В задачи отдела входят:
- Выработка предложений по рациональной и эффективной политике РНЦРР в области организации и проведения научных исследований;
- Выявление перспективных и приоритетных научно-исследовательских разработок, создаваемых в РНЦРР;
- Мониторинг, анализ эффективности и организация экспертизы качества НИР, выполняемых в РНЦРР;
- Участие в создании информационных ресурсов РНЦРР в части базы данных НИР, выполняемых сотрудниками Центра;
- Подготовка аналитических и отчетных материалов по различным аспектам научно-исследовательской деятельности РНЦРР, в том числе по государственным статистическим формам, представляемым в Минздрав РФ и другие федеральные органы исполнительной власти;
- Участие в создании проектов законодательных и нормативных правовых актов, регулирующих деятельность в области науки;
- Разработка, организация выполнения и мониторинг эффективности исполнения международных научных программ;
- Организация внедрений научных достижений в области рентгенорадиологии и онкологии в практику здравоохранения;
- Контроль за подготовкой к изданию практических пособий для врачей и подготовкой к экспертизе новых медицинских технологий для Минздрава РФ;
- Организация и совершенствование научного документооборота РНЦРР: требования и рекомендации;
- Подготовка организационно-распорядительной документации: положения, инструкции; аналитические обзоры, справки и др
В настоящее время Научно-организационный отдел обеспечивает единство, целостность и эффективность системы управления научно-исследовательской и научно-инновационной деятельностью РНЦРР.